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出芝管理前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。
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灭菌彻底灭菌仓内叠放料袋时要堆叠合理，纵向每4排料袋约宽60cm作为一行，行与行之间要留有空隙，以使蒸汽均匀循环。用旺火烧到罩膜鼓起时，排出冷空气，当罩膜内温度达到100P时，连续保持24~30h，才可以停火降温;注意加温过程中要适时加水，保持水在规定的水位范围内，加水过程中要保证罩膜内温度不下降。灭菌时，防止灭菌罩膜漏气，要注意蒸汽炉的蒸汽发生量与灭菌物数量相匹配，灭菌袋数增加，应相应延长灭菌时间。接种时防止料温太高料温太高，超过38t，易烧死菌种，好是在灭菌后的料袋还有余温（32~35t）时接种。提供适宜的培菌环境在培养室或塑料薄膜大棚内暗光培养，好保持七分阴三分阳，以利菌丝生长。鼠害。发菌阶段，要定期检查、翻堆、通风，严防料温上升到32t以上而出现“烧菌”现象；发菌期间培养室（棚）内温度低于20t,可用火加温，每天中午通风1~2h。菌丝爬满木段后，再在弱光环境中培养20d以上，促使菌丝老化，培菌时间需2~3个
栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。
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